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Matrix Evolution se situe chronologiquement APRES la Trilogie cinématographique, et donc la mort de Néo l'Elu. Dans cet univers de fiction créé par les frères Andy et Larry Wachowski , une guerre a éclaté entre les hommes et les Machines, des Intelligences Artificielles. Conçues pour améliorer le quotidien sur Terre, celles-ci sont rapidement devenues autonomes, obligeant l'homme à cacher le soleil en obscurcissant le ciel afin d'anéantir la seule source d'énergie des Machines. Mais, poussées par leur instinct de survie, les Machines ont trouvé le moyen de puiser dans le corps humain l'énergie indispensable à leur fonctionnement... C'est à dater de ce moment que la Matrice fut créée et que chaque être vivant y fut relié. Cette Matrice, un programme holographique imitant à la perfection le monde du XXI siècle, fut dès lors le seul refuge des habitants de la terre qui commencèrent à errer au sein d'un rêve leur offrant un confort matériel illusoire mais néanmoins utile à la capture de leur esprit. Désormais, plus attaché à des valeurs matérielles que spirituelles, l'Homme n'est aujourd'hui plus qu'un esclave aveuglé par l'Envie, privilégiant trop souvent le "paraître" et craignant le regard d'autrui.
En réalité, seuls quelques "anticonformistes" parvinrent à sortir de ce cauchemar...
On les appela les Potentiels...
Tapie au creux de la Terre, cette poignée de révolutionnaires parvint à se détacher de la Matrice et lui voue depuis une haine sans pareille. Capable de se connecter dans cet Univers virtuel, les Potentiels commencèrent à réveiller les Humains capables d'être sauvés afin de leur offrir une vie différente. Si celle-ci se trouve aux antipodes du confort matériel de la Matrice, elle offre cependant le privilège de pouvoir vivre libre...
Mais la recherche de l'Elu a changé les choses et apporté la motivation à ceux baignés par le désespoir. Après des années de recherches, Néo fut trouvé et avec sa mort vint la fin de la guerre. Une paix que beaucoup espérèrent sans fin...
Mais l'avenir est déjà plus qu'incertain et une nouvelle guerre s'est récemment confirmé...
A la différence près que ce ne sont plus les Machines qui sont aujourd'hui les ennemis de Zion, mais un groupe de rebelle portant connu sous le nom d'Orphelin.
D'après ce qu'on groupe de Zion a récemment découvert par un malheureux hasard de circonstances, ce groupe sévit dans la Matrice depuis son commencement. Mais si les Résistants de Zion se plaisent à s'en déconnecter pour vivre libre sur des terres ravagées et austères, les Orphelins eux ont préférés y rester connecté afin d'apprendre à la dominer tout en profitant du confort matériel qu'elle prodigue. Depuis ce temps, ces Orphelins sont parvenus à interagir au sein même de la Matrice et on fini par accroître leur maîtrise mentale à un point tel que certains sont alors parvenus à recréer des prouesse inimaginable qui, jusqu'il y a peu, s'avéraient n'être réalisable que par Néo l'Elu.
Ne pouvant les atteindre par des moyens physiques, et n'ayant aucun moyen de les trouver au sein de la Matrice, les Machines optèrent pour une politique de dénonciation de grande envergure. Cela donna suite une Chasse aux Sorcières sans précédent dans laquelle chaque humains de la Matrice tentait de traquer tout être capable de faire des choses inhumaines....Pour contrer cela, les Orphelins optèrent pour une campagne de Relation Publique mondiale et décidèrent alors d'insuffler à certains Auteurs des idées qui allaient alors donner naissance à une gamme de livre fantastique connu sous le nom de "Comics" et traitant principalement de Super-Heros dotés de facultés Paranormales. Dans les premiers livres d'un temps nouveau, chaque page révélait et détaillait ouvertement les capacités intrinsèques des Orphelins dont la faculté à maîtriser la Matrice avait atteint un stade sans précédent. Très vite, les Marvels et les Comics eurent le succès qu'on leur connu et, très vite, l'idée même de voir dans la rue des gens manifester des aptitudes surhumaines devint aussi crédule qu'absurde.
La Chasse aux Sorcières pris fin instantanément et les Machines ne purent que constater l'échec de leur plan et leur incapacité à remédier à cette situation. Mais dans les années 2000 de la Matrice, les Machines tentèrent de nouveau une approche identique, convaincu que l'effet de bandes dessinées s'était dissipés dans l'esprit des Humains. Mais, cette fois encore, les Orphelins optèrent pour une campagne publicitaire sauf que cette fois-ci, ils utilisèrent le secteur cinématographique qui permettait des prouesses télévisuelles et restait plus à même de toucher les jeunes. Ainsi arriva sur les écrans des films tels que Daredevil, Superman, X-men, les 4 Fantastiques et plein d'autre. Une fois encore, l'échec des Machines était total, tout comme leur incapacité à déterrer les Orphelins caché dans la matrice.
Malheureusement, l'existence de ces Orphelins est désormais connu et, tel des super héros, leur volonté à protéger les vies humaines leur a suffit pour déclarer la guerre contre les membres de Zion qui, une fois dans la Matrice, ne se soucient que rarement des innocents succombant parmi les dégâts collatéraux occasionné par leurs actions insensées.
Fort heureusement, les Machines ont décidé de prêter main forte aux Résistants et espère ainsi bénéficier de leur savoir pour dénicher ces Orphelins. Une façon pour eux de s'assurer également que Zion ne fait pas de ses nouveaux ennemis des alliés potentiels qui pourraient alors détruire la Matrice et mettre fin à des années d'esclavage...
